牛奶在生產運輸過程的各環節中都有可能受到結核桿菌、痢疾桿菌等有害菌群的污染，市場上的袋裝牛奶普遍采用了巴氏滅菌法，但其瞬間滅菌也有可能不徹底，殘留的細菌在適宜的溫度下會繼續繁殖成為致病源引起腹瀉等癥狀，因此牛奶不宜生食，一定要煮沸后飲用。
如果直接加熱會使牛奶產生蛋白質凝結，煮沸太久其中的磷酸鈣就會由酸性變成中性而發生沉淀，乳糖也會因焦化而分解為乳酸和甲酸，從而使牛奶營養價值和色、香、味均有所降低。
喝牛奶不能空腹，空腹時腸胃蠕動快，大大縮短了牛奶在胃里的停留時間，不利于營養消化吸收，如果喝牛奶的同時吃一些饅頭、面包等淀粉類食物就可以幫助人體充分吸收牛奶的豐富營養。當然選擇在飯后用牛奶也會有異曲同工的效果。
此外， 紅糖中的草酸會使牛奶蛋白質發生變性，引起消化功能失調，甚至阻礙鐵等微量元素的吸收，從而發生“牛奶性貧血”。所以喝牛奶時不要加紅糖，但可以適量加些白糖或冰糖調味。
值得注意的是飲奶后一個小時內不要吃水果或飲果汁，因為果汁成分往往會使牛奶中某些蛋白質在胃內凝固成塊，使人體不易吸收。